阜宁南站主体建筑两层，局部设地下一层，为线侧下式站房。主体结构形式为钢筋混凝土框架结构和空间网架结构，铝镁锰金属屋面，两侧为钢筋混凝圭屋面。
候车大厅位于站房二层，两侧分别设立了商务候车区、公安值班室、微型消防站、饮水站、卫生间等区域。售票厅设置在候车大厅西侧。站台和站厅通过旅客通道连接。