桐城东站为线侧平式站房，主体采用以白色石材、深棕色金属铝板配以玻璃幕墙的搭配为主。车站采用上进下出的旅客流线，站房主体结构为3层，其中地面层为出站层，主要设出站口和出站地道；二层（候车室一层）为进站层，与落客平台同高，两侧设票务服务中心、商业和生产生活用房，中部设进站口、安检区、候车室；三层（候车室二层）为候车、检票层，设候车室、检票口、进站旅客天桥。
桐城东站站房分为线侧和线下三部分，其中线侧站房主体结构为三层，二层（候车室一层）、售票厅及旅客进出站厅，三层（候车室二层）、商业等等办公及设备用房。
桐城东站站候车室内设置二层（候车室一层）、三层（候车室二层）设置有方便旅客餐饮、购物的店铺等等，满足旅客消费购物所需。
